В каком домене должен быть интернет-магазин?

Не встречал поэтому поводу каких то однозначных пояснений.
Прямого запрета на регистрацию интрернет-магазина вне зон «by» и «бел» нет. Так интернет магазин должен функционировать с использованием информационных сетей, систем и ресурсов национального сегмента сети Интернет, размещенных на территории Республики Беларусь и зарегистрированных в установленном порядке. При этом под национальным сегментом сети Интернет понимается совокупность информационных сетей, систем и ресурсов, имеющих подключение к сети Интернет, расположенных на территории Республики Беларусь и (или) использующих иерархические имена национального сегмента сети Интернет. Получается интернет магазин может иметь домен в любой зоне.
В то же время интернет должен быть зарегистрирован в национальном сегменте сети Интернет. Регистрация производится по инструкции, утвержденной приказом Оперативно-аналитического центра при Президенте Республики Беларусь от 18.06.2010 № 47. А инструкция описывает регистрацию только в зонах «by» и «бел». Как происходит регистрация доменов с другими зонами непонятно. Думаю, что это просто невозможно.

Да, но если в конечном итоге регистрации в национальном сегменте не будет (например, если хостеру откажут в регистрации), то крайним может оказаться именно владелец.
Если интернет магазин зарегистрирован в Торговом реестре, то не факт, что он зарегистрирован в Национальном сегменте интернета.